Het vinden van de genen bij de moeder die de biggen helpen overleven

Researcher Maren van Son heeft in Hamar, Noorwegen, achttien maanden aan het project gewerkt. ”Het aantal spenen is een eigenschap die makkelijk te meten is. Omdat het tevens een belangrijke eigenschap is voor bigoverleving, hebben we het in onze fokdoelen opgenomen. De combinatie van de spenendata met merkerdata laat een hoge significantie zien op chromosoom 7. Het meest interessante is dat deze associatie tussen chromosoom 7 en het aantal spenen consistent over lijnen heen is. Een consistentie die niet vaak voorkomt bij andere eigenschappen.”

Binnen het project is geschakeld van de bestaande merkerdata naar de, bij Topigs Norsvin beschikbare, informatie van de hele genoomsequentie. De hoop was dat de genoomsequentiegegevens informatie zouden verschaffen om meer merkers te genereren en de zoektocht naar de causatieve variatie in genen te beperken. Helaas was deze benadering slechts gedeeltelijk succesvol. De genoomsequentie in deze gebieden was zeer goed geconserveerd en er waren zeer weinig nieuwe varianten beschikbaar.

Verband tussen wervels en spenen

Op dit punt binnen het project assisteerde een ander researchsplatform. Binnen dit researchsplatform werkt Jørgen Konsgro aan de atlas van het varken. De researchers hadden een gedocumenteerd gen in de regio van interesse opgemerkt, genaamd Vertnin. Vertnin is een gen waarvan is gedocumenteerd dat het de ontwikkeling van wervels in de rug beïnvloedt. ”Jørgen was in staat om gegevens te leveren over het aantal wervels van elk dier dat door de CT-scanner was gegaan”, legt Maren uit. ”Het aantal wervels verschilt tussen dieren en deze gegevens leverden een nog sterkere associatie op met de genetische merkergegevens.” In feite kon het researchsteam van Maren - Marcos Lopes, Naomi Duijvesteijn en Barbara Harlizius - alle variaties in het aantal wervels verklaren op basis van de genetische gegevens, maar slechts een deel van de variaties in het aantal spenen.

Het fokken van betere moeders

Dit verbeterde begrip van de onderliggende biologie verbetert de nauwkeurigheid van genetische selectie op het aantal spenen. Het zorgt ervoor dat de zeugen van Topigs Norsvin beter zijn in het grootbrengen van grote worpen biggen dan die van de concurrentie. Het werk was ook een nuttig pioniersproject voor het researchsplatform. “De ‘pijplijn’ die we hebben opgesteld om dit werk te voltooien, kan nu worden gebruikt om te concentreren op veel complexere eigenschappen”, stelt Maren. “We zijn erg enthousiast over het gebruik van sommige van de andere fenotypen die worden onthuld in het Pig Atlas-project. Daarnaast kunnen we dit ook gebruiken voor meer uitdagende eigenschappen zoals ziekteresistentie, incasseringsvermogen of kenmerken die na de slacht worden gemeten. In dit moderne genetische landschap lijkt het erop dat de enige beperking tot genetische verbetering de hoeveelheid gegevens is die we op het varken kunnen meten.